苏州科技城党工委、管委会内设机构7个，均为正科级建制。

（一）党政办公室

负责重大决策、重点工作及重要事项的综合协调及督查督办；负责党建、干部、机构编制、劳动人事工作；负责宣传、统战、精神文明建设工作；负责党政信息、政策研究及综合性文稿等工作；负责日常行政事务、机要保密、文书档案、会务接待、后勤保障、信息化建设等工作；负责老干部、群团工作及人大、政协的联络工作。

（二）财政局（国有资产管理办公室）

负责财政发展战略和财政分配政策研究，编制中长期财政计划；负责财政预决算的编制、执行和调整,监督管理财政性资金；负责国有(集体)资产监管工作，指导和管理所监管企业财务会计工作；负责机关、事业单位、社会团体及国有公司的政府采购管理监督工作；负责机关、事业单位和社会团体的财务管理工作，编制各项会计报表；负责与上级财税等部门的联系协调。

（三）科技和人才局

贯彻落实上级有关科技、人才发展规划及政策，负责科技、人才发展规划和政策的拟定和实施；负责科技、人才相关项目、资金及高新技术企业、产品的申报、管理和监督，引导实施工业领域的科技攻关计划；负责人才工作及科技服务工作，做好科技、人才服务平台建设，协助做好科技金融工作；负责知识产权管理及保护、质量技术监督和服务工作；负责产学研合作，实施和管理科技成果的转化和推广；负责科技城孵化器、科技产业园及产业化基地建设，促进战略新兴产业和高新技术产业发展。

（四）经济发展局

负责科技城中长期经济发展规划及产业布局的编制和实施；负责各类经济运营监测、统计分析和监督管理，协助做好服务业项目的跟踪服务工作；负责进驻企业的跟踪、服务、协调等工作；负责环境保护和安全生产监督管理工作，协助做好消防工作；协助上级部门履行市场价格的监督、检查和协调工作；负责与海关、商检、工商等职能部门的联系协调工作。

（五）规划建设局

负责建设工程项目计划编制和实施；负责基础设施、市政公用、项目配套设施及绿化、景观工程的建设和管理；负责科技城承担的建设项目的勘察、设计、施工、监理的组织实施；负责防汛、防台及水利、水务等工作；负责进驻项目的开工建设、工程配套等服务和管理；协助做好建设项目的工程质量和安全生产的监督和管理；协助做好科技城规划、土地管理等相关工作。

（六）招商局

负责招商目标、招商策略及招商计划的制定；分析和研判招商形势和产业发展趋势；负责科技城大院大所、研发机构、创新型科技企业及高新技术产业化企业等各类项目源的拓展、商谈和引进；负责土地、载体等各类资源的统筹利用和集约使用；负责各类创新服务平台的建设管理和运行维护；负责招商项目的咨询服务和协调工作；协助做好科技城相关招商政策制定、招商宣传策划等工作。

（七）教育文体局

协助做好学前教育、小学教育、职业教育和成人教育的综合管理工作；负责指导开展区域内各类文化、体育活动、组织实施文化、体育和旅游领域的公共服务体系建设；协助做好区域内的文物管理工作；负责本区域内教育、文化、体育和旅游经费的统筹管理。

另按有关规定设置监察室（与纪工委合署办公，挂“审计室”牌子）。